第一条线索：对怜悯的呼求(1) The cry for mercy
“主啊，怜悯。”——Kyrie eleison——这种祷告至少从公元四世纪起，就已经出现在基督教的礼仪崇拜之中；而它在基督徒祷告中的使用，很可能还要更加古老。
不过，在这里，我们尤其需要避免误解希腊文 eleos（怜悯） 这个词。向上帝祈求怜悯，并不意味着一种阴郁、消沉，而且只专注于认罪悔恨的属灵态度。诚然，“求你怜悯”确实包含着为罪忧伤的意义；但与此同时，它也宣告了上帝的赦免。它是在肯定：上帝慈爱的良善与怜恤，远远大过我的破碎和罪责。
有时候，希腊教父会把 eleos（怜悯） 和 elaion（橄榄油） 联系起来。从词源学上来说，这种联系很可能并不准确；然而，从神学意义上来说，却非常恰当。因为“怜悯”所表达的，正是：上帝倾倒出来、医治并恢复我们的爱。
因此，耶稣祷文中这一句“求你怜悯”，绝不能被理解成一种黑暗、阴沉的祷告。恰恰相反，它是一篇充满光明与盼望的祷告。西奈的圣赫西修斯（St Hesychius of Sinai，约八世纪）曾用这样一句话概括它真正的精神：“如果我们带着充满甘甜与喜乐的热切渴望，不住地呼求耶稣，那么我们心灵中的空气，就会充满欢喜与平安。”
第二条线索：重复的操练(2) The discipline of repetition
这种有意识地重复简短祷文的操练，最早以明确的形式，出现在公元四世纪埃及的沙漠教父之中。当时，修士们每天所从事的劳动通常十分简单，例如：
- 编篮子；
- 编织芦苇席。
这些工作高度重复，甚至可以说相当单调。于是产生了一个非常实际的问题：当修士从事这种机械而重复的劳动时，他应当怎样使用自己的心智？
进一步说：他怎样才能实践保罗的命令——“不住地祷告”（帖前5:17）？
沙漠教父所采用的方法，就是操练所谓的 monologia，也就是：“单句祷告”（monologic prayer）意思是持续重复一个词，或者一句简短的话。他们发现，这种重复的操练能够帮助人的心智变得单纯，使原本四散、分裂的注意力，逐渐从碎裂（fragmentation）走向合一（unity）。
埃及修士所重复的短句，常常直接取自圣经，尤其是诗篇。例如：“上帝啊，求你按你丰盛的慈爱怜悯我。”——诗50〔51〕:1。或者：“上帝啊，求你快快搭救我；主啊，求你速速帮助我。”——诗69〔70〕:1
他们也会使用一些并非直接取自圣经的短句。例如，阿波罗长老（Abba Apollo）为了悔改自己年轻时犯下的一项严重罪过，反复祷告：“作为人，我犯了罪；作为上帝，求你赦免。”而归于圣马卡里乌斯（St Macarius，约四世纪末）的《属灵讲道集》——实际上其来源可能是叙利亚而不是埃及——则提出过这样的祷文：“我恳求你，我恳求你，主啊。”今天的基督徒还会使用其他类似的“单句祷告”，虽然这些短句在早期沙漠教父那里未必已经出现。例如：“主啊，当你进入你的国时，求你记念我。”——参那位善盗的祷告，路23:42
以及：“上帝啊，荣耀归于你，荣耀归于你。”这是今天东正教许多礼仪开始时都会使用的一句呼求。
呼求圣名Saying the Holy Name
因此，在公元四世纪的沙漠传统中，已经存在着许多适合频繁重复的简短祷文。早期修士所采用的一些“单句祷告”中，也已经包含了耶稣的名字，例如：“耶稣，帮助我。”“主耶稣，求你保守我脱离我的舌头。”不过，在四世纪的时候，这些包含圣名的祷告形式还没有占据特别突出的地位。所以，在这一时期，我们还不能真正谈论一种明确的、以耶稣为中心的灵修传统。这种情况要到五世纪以及以后才逐渐出现。
因此，从历史发展来看，耶稣祷文最初只是众多“单句祷告”中的一种。那么，为什么后来它能够逐渐胜过其他祷告形式，成为所有这些短祷文中最广泛流行的一种——当然，它从来没有因此而排斥其他祷告形式？决定性的原因，就是其中包含了：耶稣的圣名。
关于这一点，我们等到讨论第四条“线索”时，还会进一步说明。沙漠教父已经认识到——现代心理学也同样予以证实——重复的操练，是一种强烈而有效的收摄心神（recollection）的方法。但也正因为它具有这样的力量，所以必须：谨慎、有分辨地使用。